Hallo Markus,
es ist ein bisschen schwierig dir Tipps zu geben, wenn man nicht weiß, wie lange Ihr in den Unterkünften im Caprivi seid.
Aber ich versuchs mal

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Rundu: die Bootsfahrten dort sind jetzt sichtungstechnisch nicht sehr lohnend, aber da Ihr Ersttäter seid, sicher ein guter Einstieg. Auf jeden Fall würde ich aber nachmittags zum Sunset fahren, allein schon wegen der Stimmung. Fand ich damals einen guten Start in den Caprivi.
Living Museum: mit denen, die zu der Living Culture Foundation gehören wie deine beiden angedachten macht man eigentlich nie was falsch. Sag ich aber nur vom jahrelangem Lesen vieler Berichte und Kommentare, selber war ich da noch nicht. Mafwe liegt aber weit weg von Caprivi Houseboat Safari, wollt Ihr das auf der Fahrt von Divundu nach Katima besuchen?
Nunda River Lodge: ich hab mit denen auch schon ne Bootstour gemacht, die ging zu den Popa Falls und dort ist man ausgestiegen. Fand ich sehr schön insgesamt.
Bwabwata NP ist groß, das sind ja verschiedene Gebiete. Am einfachsten zu befahren ist der Mahango.
Caprivi Houseboat Safari : auf jeden Fall mit denen eine Bootstour auf dem Zambezi machen, ein sehr schöner Fluss!
Kasane: was meinst du mit einer Tour nach Süden?? Ich würde, wenn euer Budget das hergibt, am besten eine oder zwei Bootstouren als Privattour auf dem Chobe machen. Dann seid Ihr für euch und habt eure Ruhe. Manche "normale" Touren sind seeeeehr touristisch, sehr rummelig und auch zu den üblichen Zeiten, so dass es sehr voll auf dem Fluss ist. Man kann bei einer Privattour die Zeiten ein bisschen selber bestimmen. Ein geführter Gamedrive in den Park ist für Ersttäter wohl auch Pflicht, aber es kann sehr voll werden, sei gewarnt!
Für Bootstouren und Gamedrives könnte ich dir einen Kontakt zukommen lassen (es gibt aber viele dort), wegen Transfer bin ich überfragt, mein Kontakt macht meines Wissens nur Tagestouren hin und zurück.
Soweit mal von meiner Seite aus - ich putz jetzt mal meine Fenster weiter, lass ich mich aber durch Rückfragen gerne davon ablenken bzw. dabei "stören"

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LG Bele